Ribo-off rRNA depletion kit (Plant)
植物去除rRNA试剂盒
植物根、种子和叶片总RNA中去除rRNA；mRNA和非编码RNA分析
· 兼容性强：能兼容多种植物物种，同时针对植物的不同部位（根、种子和叶片）也具有良好的兼容性。
· rRNA残留率低：针对不同物种均能有效去除rRNA
1.低的rRNA残留率
针对不同物种，Vazyme N409均能有效去除rRNA，较大程度减少rRNA的残留导致的数据浪费，且去除效率优于illumina同类产品。
2.优异的数据质量
对下机数据过滤后得到的高质量clean reads，根据参考序列使用HISAT2软件对序列进行比对分析，得到mapping rate。Vazyme N409搭配后续的建库模块的下机数据，在Mapping rate上优于illumina。
Ribo-off rRNA depletion kit (Plant)是针对植物根、种子和叶片总RNA中去除rRNA的试剂盒。本试剂盒适用于模板起始量为1 - 5 μg的植物总RNA，总RNA样本经过rRNA与探针杂交、RNase H消化、DNaseⅠ消化等步骤，将rRNA(包括5S、18S和25S rRNA)从总RNA中去除，保留mRNA和其它非编码RNA，可用于LncRNA等非编码RNA的分析；试剂盒额外提供了靶向线粒体rRNA和叶绿体rRNA的消化探针，可以高效去除多种植物种属主要的rRNA，提供信息充实的测序结果。该试剂盒同时适用于完整的和部分降解的RNA样本，所得的产物适用于RNA文库及其他实验。
| 组分 | N409-01 (12 rxns) | N409-02 (24 rxns) |
| rRNA Probe (Plant) | 24 μl | 48 μl |
| Probe Buffer | 36 μl | 72 μl |
| RNase H Buffer | 48 μl | 96 μl |
| RNase H | 12 μl | 24 μl |
| DNaseⅠBuffer | 348 μl | 696 μl |
| DNaseⅠ | 12 μl | 24 μl |
| Nuclease-free ddH2O | 1 ml | 2 × 1 ml |
-30°C~-15°C保存
1.如果纯化产物用于文库构建，但是使用的是Nuclease-free H2O洗脱的，如何操作？
若条件允许，加入等体积2 × Frag/Prime Buffer (Vazyme #N402)，之后反应体系均放大，直至做到纯化步骤，恢复体系，也可以再次使用VAHTS® RNA Clean Beads (Vazyme#N412)进行纯化，最后用Frag/Prime Buffer洗脱。
2.纯化产物可以保存多久？
纯化产物由于浓度较低容易降解，去除rRNA的样品应尽快进行下游实验，否则请-80 ~ -65℃保存。
3.如果文库浓度过低，可以从哪些角度去寻找原因并如何改进?
以高质量的RNA样品为模板构建得到的文库浓度都能达到上机测序要求，如果无法提供合格的RNA样品，可尝试使用下方法弥补：
①起始量：提高样品起始量，最大可做到5 μg；
②做几个重复的样品，到纯化步骤合并在一起，或做到文库扩增前合并在一起；
③做不分选方案：94℃ ,8 min打断条件下RNA片段虽然偏小，但是分布会很集中，均一性也较好，有些个性化样品会出现打断不均一、某些大小的片段较多，经过PCR更明显，出现刺峰，这种情况在不分选方案中出现很少。
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