Hyperactive ATAC-Seq Library Prep Kit for Illumina
“简”流程与“优”数据的ATAC-seq试剂盒
· 样本起始量更广：兼容100-100,000个细胞投入量
· 下机数据更优：TSS富集良好且IGV视图信噪比高
Hyperactive ATAC-Seq Library Prep Kit for Illumina是针对Illumina高通量测序平台定向开发的用于研究染色质可及性/开放性的试剂盒。ATAC-Seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing，是利用转座酶研究染色质可及性的高通量测序技术。其原理是利用转座酶Tn5可切割开放染色质区域的特性，对Tn5酶捕获到的开放染色质区域DNA序列进行测序。本试剂盒优化了实验反应体系和建库流程，与传统的技术相比，具有细胞投入量兼容范围广、实验周期短、信噪比高、应用范围广等优势，尤其适用于肿瘤疾病、生物发育、衰老等表观遗传学研究。
1. 样本起始量更广
参照Vazyme #TD711实验流程对不同细胞投入量（100-100,000个）的Hela细胞进行ATAC文库构建，不同细胞投入量下的扩增循环数如表1。结果表明：在不同细胞投入量下，TD711文库产出稳定，文库峰型呈现典型的Ladder状分布。Vazyme #TD711从试剂到流程均进行了优化，从而保证了优良的文库产出和峰型。
表1. 不同细胞投入量下的扩增循环数
|
细胞投入量（个） |
100 |
500 |
5,000 |
10,000 |
50,000 |
100,000 |
|
扩增循环数（cycles） |
21 |
20 |
16 |
15 |
14 |
12 |
图1. 不同细胞投入量下的文库产出
|
细胞投入量（个） |
100 |
500 |
|
2100峰图 |
 |
 |
| 细胞投入量（个） |
5,000 |
10,000 |
| 2100峰图 |  |
 |
| 细胞投入量（个） |
50,000 |
100,000 |
| 2100峰图 |  |
 |
图2. 不同细胞投入量下的文库峰型
2. 下机数据更优
将参照Vazyme #TD711实验流程得到的文库进行测序，下机后各样本截取10 G数据量进行生信分析，结果表明：TSS富集图显示在基因的转录起始位点周围富集明显；IGV视图显示ATAC在关键位点上的富集情况与CUT&Tag和CUT&RUN一致，且在mRNA-seq中可以找到相应基因位点，实验结果真实可靠。
图3. 不同细胞投入量下的TSS视图
注：CUT&Tag和CUT&RUN技术采用的靶点为H3K4me3。
图4. 不同细胞投入量下的IGV视图
BOX 1：1% Digitonin -30 ~ -15℃保存，室温(15 ~ 25℃)下可保存1周，其余组分-30 ~ -15℃保存，≤0℃运输。
BOX 2：2 ~ 8℃保存，根据不同目的地调整运输方式。
1、如何增加ATAC文库的TSS富集程度？
ATAC文库的下机数据TSS一般富集较好。当TSS富集效果不好时，通常是由于实验样本中存在较多死亡或活性差的细胞(包含大量的脱落化DNA)或游离DNA。使用DNAse I对样本进行预处理可预防这些问题。
2、如何减少ATAC文库的线粒体reads？
通常是由于在细胞漂洗时未能吸出所有的上清液(其中包含mtDNA)。应吸尽上清，同时注意不要影响到细胞核。
3、ATAC文库产量低的原因？
通常是由于实验过程中细胞核部分丢失。细胞核离心后在EP管中几乎不可见，弃去上清液时容易造成丢失。故在离心时，应将EP管统一方向并标记细胞沉积位置，在沉淀对立面轻轻弃去上清，在实验操作过程中避免剧烈涡旋振荡。
| 文章名称 | 样本 | DOI |
| Lineage regulators TFAP2C and NR5A2 function as bipotency activators in totipotent embryos | 小鼠胚胎细胞 | DOI: 10.1038/s41594-023-01199-x |
| Transposable elements-mediated recruitment of KDM1A epigenetically silences HNF4A expression to promote hepatocellular carcinoma | 人肝癌细胞 | DOI: 10.1038/s41467-024-49926-2 |
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| Disrupted methionine cycle triggers muscle atrophy in cancer cachexia through epigenetic regulation of REDD1 | 小鼠成肌细胞系（C2C12） | DOI: 10.1016/j.cmet.2024.10.017 |
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| Hypertranscription of rDNA responsible for nucleolar remodelling is a doorman for acquiring pluripotency | 小鼠胚胎成纤维细胞 | DOI: 10.1111/cpr.70052 |
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